2009-2010赛季鲁尼在英超联赛一开始就展现出极强的进攻欲望,在前六轮比赛便打进六球。
2009年8月23日其中在对阵维根比赛中的进球是鲁尼在曼联的第一百个进球,2009年11月28日鲁尼在曼联四比一击败朴茨茅斯的比赛中上演帽子戏法,这是鲁尼五年以来的第一个帽子戏法。
2010年鲁尼的状态更为神勇,连续进球,而且多次利用原本不擅长的头球破门,在连续对阵死敌阿森纳和曼城的比赛中,鲁尼都有进球,最终鲁尼率领曼联赢得2009-2010赛季的英格兰联赛杯冠军。在欧冠曼联对阵AC米兰的比赛中,鲁尼在两回合总共打进四球,帮助曼联进入欧冠八强,但弗格森对鲁尼的过度使用最终收到恶果。
2010年3月30日在曼联客场挑战拜仁慕尼黑的欧冠四分之一决赛中,虽然鲁尼开场不久就打入一球,但在比赛临近尾声时,鲁尼在拼抢时脚踝严重受伤,最终曼联被对手绝杀一比二告负。随后鲁尼伤停,曼联在欧冠最终以客场进球数少的原因被淘汰出局,英超联赛上,又以一分之差屈居联赛亚军。在这个赛季,鲁尼打出加盟曼联以来最好的状态,联赛打进二十六球,各项比赛打进三十四球。在赛季结束时囊获了PFA年度最佳球员、PFA球迷选年度最佳球员和英国足球记者协会最佳球员这三大奖项。
2010-2011赛季鲁尼在所参加的第二届世界杯中表现依然低迷,一球未进。回到曼联后状态依然起伏不定,而曼联在2010年夏季转会只买进了哈维尔·埃尔南德斯、克里斯·斯莫林和贝贝三个年轻球员,这让鲁尼对于曼联的阵容十分不满意,一度产生了转会风波,2010年11月20日曼联对阵威根竞技的比赛中,鲁尼在转会风波后首次代表曼联出场。
进入2011年以后,鲁尼和曼联的状态均有回升,在客场对阵西布朗维奇的比赛中,鲁尼一传一射帮助球队绝杀对手。在2011年2月1日曼联对阵曼城的关键比赛中,鲁尼打进致胜进球,这个进球是鲁尼职业生涯最精彩的进球,后来也被评为英超二十年最佳进球。随后在曼联对阵西汉姆联的比赛中,鲁尼上演帽子戏法,帮助曼联四比二逆转取胜,最终曼联在赛季结束时获得俱乐部历史上的第十九个顶级联赛冠军,超越了利物浦的纪录。
在欧冠淘汰切尔西和沙尔克04的比赛中,鲁尼都有关键进球,在最终的决赛中,鲁尼虽然为曼联打进一球,但曼联仍无力对抗强大的巴塞罗那,屈居亚军。鲁尼在2010-2011赛季受伤病和转会风波的影响,总共打进了十六球,但鲁尼的传球能力和团队意识仍然帮助哈维尔·埃尔南德斯和迪米塔·贝尔巴托夫打进了更多的进球,其中贝尔巴托夫还获得英超最佳射手。
2011-2012赛季鲁尼的状态火热,在前五轮联赛就打进九球,其中在对阵阿森纳和博尔顿的比赛中均上演帽子戏法,而对阿森纳的比赛中,鲁尼更是打进两个精彩的任意球,曼联八比二狂胜对手。但曼联在击败了切尔西之后状态下滑,鲁尼之后也表现低迷,曾连续八场不进球,缺少鲁尼的进球,曼联最终在欧冠赛场,小组赛仅获得第三名,英超联赛上,在最后阶段曼城反超,仅名列联赛第二。鲁尼在这个赛季联赛打进了二十七球,虽是职业生涯的最高纪录,但仅次于获得了最佳射手的罗宾·范佩西。
2012-2013赛季曼联斥资两千六百万英镑从阿森纳买进前锋范佩西,这使得鲁尼有了一位顶级的锋线搭档。范佩西在联赛中进球如麻,很快成为了曼联的核心,但为此鲁尼的地位再次下降。鲁尼在赛季对阵曼城、雷丁和南安普顿的比赛中都打进两球,但多数时间都在用自己的传球和跑动组织曼联的进攻。在这个赛季鲁尼的进球数还不到范佩西的一半,整个赛季仅打进十六球,追平了自己在曼联的最低记录。在欧冠曼联对阵皇家马德里的八分之一决赛第二回合比赛中,鲁尼突然被弗格森放在了替补席上,在曼联比分落后的情况下才替补出场,但未能挽回大局。鲁尼在这样重要的比赛中未能获得重用,这使得关于他的转会传言甚嚣尘上,。但曼联的情况并未受此影响,在2013年4月22日曼联依靠范佩西的帽子戏法三比零击败阿斯顿维拉,提前四轮获得英超联赛冠军,其中鲁尼为范佩西送出了一脚精准长传帮助后者打进了该赛季的英超最佳进球。但在欢庆冠军时鲁尼明显情绪不高,随后在曼联击败斯旺西队以后,主帅弗格森在赛后证实鲁尼已经对曼联提出了转会要求。
2013-2014赛季弗格森在宣布退休后,曼联由鲁尼的启蒙教练莫耶斯接任主教练,整个夏天鲁尼都处在转会漩涡之中。切尔西队主教练穆里尼奥公开宣称要引进鲁尼,而曼联新任主帅莫耶斯则坚决表示鲁尼会留队,因此切尔西的多次报价均为曼联所拒绝。由于曼联态度坚决,鲁尼被迫暂时放弃转会,专心投入曼联的比赛。2013年8月17日鲁尼在伤愈后首次代表曼联出战,并且为队友送出两次助攻,帮助曼联四比一击败斯旺西,而曼联主场对阵切尔西的比赛是鲁尼自转会